Para suceder ao Pe. Ivo Ferreira de Amorim na reitoria, o Sr. Arcebispo nomeou, em 16 de novembro de 1992, o Pe. Humberto Leopoldo Wuyts, missionário belga que já havia colaborado com o Seminário na qualidade de Diretor Espiritual. Pe. Humberto recebeu a notícia de sua nomeação por telefone, durante uma viagem à sua terra natal, na Europa.

Desde março daquele ano (1992), as duas comunidades (Teologia e Filosofia) estavam novamente reunidas na sede do Seminário, em Santa Helena. Pe. Humberto, para melhor acomodar os vocacionados, empreendeu uma obra de ampliação sobre o antigo salão construído nos anos 1950: onde outrora funcionavam dormitório e sanitários, depois da reforma passaram a funcionar refeitório e cozinha, com a adição de mais dois andares, com quartos para receber os seminaristas da Teologia.

Nesta época, a equipe de formadores contou com a colaboração dos Padres Josemar Stein e Paulo Régis Silvestre, como Vice-reitores; e do Pe. Renzo Florio (Pavoniano) como Diretor Espiritual.

Pe. Humberto permaneceu na reitoria até agosto de 1995, quando foi sucedido por Pe. Arlindo Moura de Melo. Pe. Arlindo, por sua vez, assumiu em 06 de agosto de 1995 e renunciou em 07 de julho de 1998, por razões de saúde.