Embora o Seminário tenha sido fundando em 04 de abril de 1951, somente depois de muitos anos é que ganhou, na Igreja, status jurídico de Seminário Maior.

Desde seus primórdios, o Seminário funcionava como Seminário Menor, acolhendo jovens vocacionados para que cumprissem os estudos primários e necessários ao ingresso nas faculdades de Filosofia e Teologia, que eram cursadas em Seminários Maiores de Minas Gerais.

Com o passar dos anos, porém, a realidade estava mudando. Após uma fase de escassez de vocações (até 1975), aumentou novamente o número de vocacionados, o que encorajou a equipe de formação a dar, em 1978, um grande passo: a instalação do curso de Filosofia no Seminário. Posteriormente, em 1980, seria implantado também, com o parecer favorável da comissão de formadores do Seminário e do Conselho Presbiteral, o curso de Teologia.

Atento às necessidades dos tempos, e visando oferecer uma sólida formação intelectual e integrada aos seminaristas, em 1985 o Arcebispo Dom Silvestre Luiz Scandian inaugurou o IFTAV (hoje Instituto Interdiocesano de Filosofia e Teologia). É neste Instituto que os nossos seminaristas e os das demais Dioceses do Espírito Santo – além de religiosos e leigos – estudam e se preparam para exercer seus ministérios junto às comunidades e paróquias.

Com todos estes avanços, e estando já consolidada toda a estrutura requerida pela Igreja, Dom Silvestre, por necessidade jurídica e em conformidade com o Código de Direito Canônico (cânones 237 e 238), alterou, por meio de um decreto de 04 de abril de 1992, o status jurídico do Seminário na Igreja. A partir de então é que, de fato, este passou a denominar-se Seminário Maior Nossa Senhora da Penha.