Em 06 de agosto de 1952, o 5º Bispo do Espírito Santo, Dom José Joaquim Gonçalves, nomeou como 2º Reitor do Seminário Menor Nossa Senhora da Penha o Cônego Acácio Valentim de Morais, que permaneceu na função por 11 anos consecutivos, até o final de 1963. Anterior ao Cônego Acácio, havia assumido a reitoria por pouco mais de um ano o Pe. Franz-Victor Rudio (1951-1952).

O Cônego Acácio, exercendo a função de Reitor, também lecionava Português, Latim, Grego e Desenho. Foi ele, praticamente, quem carregou a existência do Seminário durante longos anos de dificuldades financeiras, quando, em meio a muita abnegação e renúncia, os seminaristas persistiam, sustentados unicamente pelo ideal de chegar um dia ao sacerdócio. Naquele tempo, em meio à crise, até as dedicadas funcionárias da cozinha e da lavanderia contribuíram, colocando seus salários à disposição do Padre Reitor.

No corpo docente, junto ao Cônego Acácio, estava o Pe. Antônio Volkers, que, além de ecônomo, assumiu as aulas de Matemática, e depois, a função de disciplinário. Acrescente-se também a ajuda do Cônego Aristide Taciano, que lecionou Português e Latim; e do padre belga José d’Hooghe, que colaborou por um ano nas disciplinas de Música, Latim e Francês.

Após a saída do Cônego Aristide e do Pe. d’Hooghe, o Seminário contava com um quadro deficitário de professores. Apesar da contribuição valiosa de docentes leigos, a situação persistia, e a tentativa de enviar os alunos para outros Seminários, nesse momento, não deu certo.

A solução chegou no início do ano de 1958, sendo Dom João Batista da Motta e Albuquerque o 1º Arcebispo de Vitória: os alunos do curso ginasial[1] passariam a estudar no Colégio Salesiano Nossa Senhora da Vitória, no Forte de S. João. O intuito da transferência era proporcionar aos seminaristas uma experiência de abertura para a vivência evangélica no meio leigo – inovação avançada para a época -, que inicialmente não foi vista com bons olhos pelo clero.

Nove anos depois de inaugurado, o Seminário apresentou a primeira turma concludente do curso de Humanidades, que devia prosseguir com os estudos superiores de Filosofia e Teologia. A Arquidiocese de Vitória, que com muita dificuldade mantinha o Seminário Menor, naquele momento não podia assumir a responsabilidade de um Seminário Maior; o que levou o Arcebispo Dom João Batista a pedir ajuda à Arquidiocese de Belo Horizonte. A parceria foi firmada, e em fevereiro de 1959, partia para Minas Gerais a primeira turma de alunos do curso de Filosofia.