Desde o final da década de 1950 até o início da década de 1970, os seminaristas da Arquidiocese de Vitória eram enviados para cursar Filosofia e Teologia em Belo Horizonte (MG), no Seminário Provincial Coração Eucarístico de Jesus.  Os seminaristas menores (curso clássico) continuavam em Vitória, sendo Reitores os padres Ethevaldo Mazega (1964-1965) e Rubens Duque* (1965-1970).

A partir de1965, os seminaristas residiram no novo prédio do Seminário, construído na Fazenda São José (Km 07 – Município de Viana). Os alunos inicialmente frequentavam as aulas em internato, e depois no Colégio Estadual (1968).

Ainda em 1965, o Sr. Arcebispo tomou uma outra decisão que veio beneficiar o Seminário: os seminaristas que cursavam o 4º ano de Teologia em Belo Horizonte deveriam retornar a Vitória para concluir o curso, possibilitando a integração com os padres da Arquidiocese e uma melhor preparação para o exercício do ministério. Os quartanistas que retornaram e passaram a residir e a colaborar com o Seminário eram: Adwalter Antônio Carnielli; Francisco Tosta de Almeida; José Ayrola Barcellos; José Carlos Barbosa; José Carlos dos Anjos; José Luis Pioto D’Ávila e Rubens Duque.

Em julho deste mesmo ano foram ordenados presbíteros, e Pe. Rubens Duque nomeado Reitor do Seminário. O Cônego Maurício de Mattos Pereira assumiu como Diretor Espiritual até 1966, quando foi nomeado pároco em Colatina.

Em Belo Horizonte, foi fundado em 1966 o Instituto de Filosofia e Teologia, em instalações distintas das do Seminário, nas quais os seminaristas das várias dioceses passaram a estudar. Os alunos de Vitória apresentaram ao Arcebispo um projeto de abertura de uma casa para os seminaristas capixabas, que foi aprovado e deixado aos cuidados do Pe. José Ayrola Barcellos.

Logo no início do ano (1966), depois de um entendimento com o Reitor do Seminário de Belo Horizonte, os seminaristas passaram a residir em uma casa cedida pelas Irmãs Missionárias de Jesus Crucificado, na cidade Hosana, uma obra da Sociedade de São Vicente de Paulo. No tempo em que residiram em Belo Horizonte, os seminaristas se destacaram pelo espírito de disponibilidade e responsabilidade adquiridos no Seminário Menor, sendo sempre zelosos no cuidado do patrimônio comum.