O Côn. Rubens Duque permaneceu na reitoria do Seminário de 1983 a 1988, contando com a ajuda dos Padres Antônio Lute, Antônio Rocha de Araújo e Ivo Ferreira de Amorim (vice-reitores); além de Pe. Humberto Wuyts (Diretor Espiritual). Em setembro de 1988, o Sr. Arcebispo nomeou Reitor o Pe. Ivo Ferreira de Amorim, permanecendo o Pe. Antônio Lute como vice-Reitor, e o Côn. Maurício de Mattos Pereira como Diretor Espiritual.

Em outubro do mesmo ano (1988), o Seminário recebeu a visita canônica de Dom Arnaldo Ribeiro (então Bispo Auxiliar de Belo Horizonte), na qualidade de visitador apostólico. Dom Arnaldo foi enviado pela Santa Sé para verificar se a formação estava caminhando conforme as diretrizes do Concílio Vaticano II e as orientações da CNBB. O visitador permaneceu seis dias junto à comunidade, e, ao final, fez algumas observações, mostrando-se em geral satisfeito com o que viu e ouviu.

Após a nomeação como Reitor, a partir de 15 de março de 1989 Pe. Ivo passou a exercer também a função de Diretor do Instituto de Filosofia e Teologia (IFTAV). Nessa época também colaboraram na formação os Padres Dauri Batisti, Josimar Bazoni, José Aledi e Paulo Régis Silvestre.

A 4 de abril de 1992, o Sr. Arcebispo, por necessidade jurídica e em conformidade com o Código de Direito Canônico (cânones 237 e 238), alterou, por meio de um decreto, o status jurídico do Seminário na Igreja, que passou a denominar-se “Seminário Maior Nossa Senhora da Penha”:

“Diante da necessidade constante que a Arquidiocese de Vitória do Espírito Santo tem de novos presbíteros para realizar a sua missão, pelo presente DECRETO criamos o Seminário Nossa Senhora da Penha como Seminário Maior (cf. CDC 235 par. 1; Estatuto e Regra de Vida desde 22 de fevereiro de 1985). Trata-se de uma ‘Casa de Formação’, destinada a acolher jovens com maior idade e com o segundo grau completo, para um período de aprofundamento religioso com vista ao Sacerdócio. ‘O Seminário Maior representa o período conclusivo do processo de discernimento vocacional’ (cf. CNBB, doc. 30, nº 59), onde os jovens realizam uma experiência de vida comunitária, desenvolvem sua maturidade humana e espiritual, a exemplo dos discípulos de Jesus Cristo, e realizam trabalhos pastorais. Salientamos ainda que esta Instituição servirá de residência para os jovens durante o período de formação, na companhia de alguns padres formadores. As atividades intelectuais destinadas a alcançar o Ministério Sacerdotal serão realizadas em Centros de Estudos Especiais.

Vitória, 04 de abril de 1992.

Dom Silvestre Luiz Scandian – Arcebispo de Vitória”.