Tendo retornado de Roma após um ano de estudos, Pe. Geraldo Lyrio Rocha foi novamente nomeado Reitor do Seminário (1978). Inicialmente, propôs aos seminaristas que elaborassem um projeto de vida, o qual, após a avaliação da comissão de formação, foi submetido à aprovação do Arcebispo, Dom João Batista da M. e Albuquerque.

Em maio do mesmo ano, o Pe. Reitor apresentou à Comissão do Seminário o Currículo Pleno do Curso de Filosofia, que foi unanimemente aprovado. Na mesma ocasião, foi aprovada a decisão de abrir a possibilidade de participação de leigos no curso, desde que comprometidos com as exigências e particularidades do programa de estudos.

No dia 1º de outubro (01/10/1978) foi ordenado Presbítero aquele que em meio à escassez de vocações garantiu a continuidade do Seminário: o Diácono Jair Côco. A cerimônia de Ordenação aconteceu no Ginásio de Esportes de Linhares, e foi presidida pelo Bispo Auxiliar, Dom Luis Gonzaga Fernandes (O Arcebispo, na ocasião, estava impossibilitado por motivos de saúde).

Chegando ao ano de 1980, o Seminário deu mais um passo: foi aprovada pela Comissão e pelo Conselho Presbiteral a abertura do curso de Teologia. Com o notório crescimento da Pastoral Vocacional e de centros vocacionais existentes em algumas paróquias, o número de candidatos ao Seminário voltou a crescer: para o ano de 1981 estavam previstos cerca de 31.

Com o aumento do número de seminaristas, foi necessário pensar em uma estrutura adequada para receber a todos. Inicialmente, cogitou-se construir uma outra casa no bairro Santo Antônio, mas, abandonando-se posteriormente o projeto, a solução encontrada foi a de trazer a comunidade de volta para a colina Santa Helena, deixando-se a casa que já havia em Santo Antônio para os alunos do 2º grau.

Após os reparos necessários, em 26/02/1981 o Seminário retornou para a colina Santa Helena, de onde havia saído há 16 anos.